Dalle origini alla Serie DNel 1957 viene fondata l'Unione Sportiva Carpenedolo che cambiò nome in Unione Sportiva Bober Carpenedolo nel 1959, per poi tornare alla denominazione originaria nel 1960. Nel 1965 la squadra assunse infine la denominazione di Associazione Calcio Carpenedolo e nel 1974 raggiunse la Promozione e vi militò fino al 1983.Successivamente la squadra retrocesse fino ad arrivare in Terza Categoria, ma dalla stagione 1996-1997 il Carpenedolo iniziò una scalata che lo portò a vincere quattro campionati consecutivi così da raggiungere l'Eccellenza nel 2000. Nella stagione 2002-2003 dopo aver terminato il proprio campionato al secondo posto e aver vinto i play-off regionali e nazionali la squadra bresciana conquistò la promozione in Serie D.La Serie C2Nel 2004 i bresciani ottennero la promozione in Serie C2 in seguito ad un campionato vinto con 68 punti in serie D. I rossoneri sfiorarono lo storico colpaccio della promozione in C1 nel campionato 2005-2006, dove la squadra venne allestita per puntare al salto di categoria. L'undici allenato da Gianluca Gaudenzi (subentrato a Mauro Melotti), raggiunse la finale play-off contro l'Ivrea, ma perse la possibilità del salto di categoria sul campo dei piemontesi dopo essere anche passato in vantaggio (1-1 il risultato finale).Nella stagione sportiva 2008-2009 della Lega Pro Seconda Divisione, il Carpenedolo si è classificato al 13º posto, candidandosi per il play-out di categoria. Il 7 giugno 2009 conquistò la salvezza battendo, nella doppia sfida dei play-out di categoria, il Montichiari, avversaria storica. Il 3 luglio 2009 la società ufficializzò l'avvicendamento sulla panchina della squadra per la stagione 2009-2010, tra Mauro Melotti e Francesco Zanoncelli.
Nel
maggio 2010 la formazione rossonera, dopo sei anni nel calcio
professionistico, retrocesse in Serie D, categoria nella quale militò
nella stagione 2010-2011, inserita nel girone D. Tale stagione fu
travagliata per i rossoneri che giunsero in zona play-out; negli
"spareggi salvezza" contro il Ponsacco la squadra bresciana
perse sia l'andata che il ritorno, retrocedendo così in Eccellenza
Lombardia.
Il
ritorno in Serie D e il trasferimento a Montichiari
Tornato
in serie D, al termine della stagione 2010-2011 retrocede in
Eccellenza dopo aver perso i play-out ma viene ripescato in Serie D
per la stagione 2011-2012. Ottenuta la salvezza ai play-out contro il
Darfo Boario, trasferì la sede nella vicina Montichiari (la cui
squadra, il Montichiari, non si è più iscritta in Lega Pro)
cambiando i colori sociali in rosso e blu e formando così il nuovo
Football Club Atletico Montichiari.
La
rifondazione
In
seguito al trasferimento, una nuova compagine ne acquista loghi e
tradizione sportiva e sotto il nome di Atletico Carpenedolo riparte
dal settore giovanile.
Dopo
aver svolto per tre anni attività a livello giovanile nel 2015 la
squadra si iscrive in Terza Categoria bresciana e nel 2018 dopo aver
vinto i play-off viene promosso in Seconda Categoria. La stagione
2018-2019 viene chiusa con un quarto posto e l'Atletico Carpenedolo è
ripescato in Prima Categoria.
Nell'estate
2020 avviene il cambio societario: l'Atletico Carpenedolo cessa la
sua attività e subentra il Football Club Carpenedolo Società
Sportiva Dilettantistica S.r.l. società capitanata dal presidente
Stefano Pedrini che con l'acquisizione del titolo sportivo dello
Sporting Desenzano approda in Eccellenza.